Die Überwachung der Futtermittel ist Angelegenheit der Länder. In Bayern ist diese am Staatsministerium für Umwelt und Verbraucherschutz angesiedelt. Dort werden die Vorgaben der Europäischen Union sowie des Bundesministeriums für Ernährung und Landwirtschaft umgesetzt. Eine weitere wichtige Aufgabe ist die Koordination der Futtermittelkontrolle in Bayern. Eine enge Zusammenarbeit besteht mit der Vollzugsbehörde, den Untersuchungs- und Forschungseinrichtungen, dem Zoll und der Justiz.

Zuständig für den Vollzug der futtermittelrechtlichen Bestimmungen ist die Regierung von Oberbayern, die diese Aufgabe zentral für ganz Bayern übernimmt. Hauptaufgaben sind die Durchführung von Inspektionen, das Auswerten der Untersuchungsergebnisse der Futtermittelproben, das Einleiten von Maßnahmen bei Verstößen gegen futtermittelrechtliche Vorschriften, Abwicklung von Zulassungs- und Registrierungsverfahren, usw..

An jedem Landratsamt ist ein Veterinärassistent beschäftigt, der veterinär- und futtermittelrechtliche Aufgaben ausführt. Im Bereich Futtermittel müssen die Veterinärassistenten insbesondere Proben bei tierhaltenden Landwirten ziehen, ebenso bei Händlern und Futtermittelherstellern. Vollzugsaufgaben werden von den Veterinärassistenten jedoch nicht wahrgenommen. Für jede Partie werden bis zu 100 Einzelproben nach der Verordnung (EG) Nr. 152/2009 entnommen, hieraus eine Sammelproben und aus dieser drei Endproben gebildet. Im Jahr 2014 wurden in Bayern 2.918 amtliche Futtermittelproben genommen.