Nach den Vorschriften des Infektionsschutzgesetzes und der Trinkwasserverordnung muss Trinkwasser so beschaffen sein, dass durch seinen Genuss oder Gebrauch eine Schädigung der menschlichen Gesundheit, insbesondere durch Krankheitserreger, nicht zu besorgen ist. Für die Einhaltung dieser Anforderung ist der Betreiber der Trinkwasserversorgungsanlage zuständig. Er hat sein Trinkwasser mittels Probenahmen durch dafür zugelassenen Labore zu überwachen. Zusätzlich werden Trinkwasserversorgungsanlagen durch die staatlichen Gesundheitsämter insbesondere mittels Wasserproben amtlich überwacht.

Für den Grundwasserschutz und damit den Schutz der Trinkwasserressource ist die Wasserwirtschaftsverwaltung zuständig.

Auch Schwimm- oder Badebeckenwasser in Gewerbebetrieben, öffentlichen Bädern sowie in sonstigen nicht ausschließlich privat genutzten Einrichtungen muss nach den Vorschriften des Infektionsschutzgesetzes so beschaffen sein, dass durch seinen Gebrauch eine Schädigung der menschlichen Gesundheit, insbesondere durch Krankheitserreger, nicht zu besorgen ist. Der Betreiber eines Schwimm- und Badebeckens ist dafür verantwortlich, dass die Wasserqualität den gesetzlichen Anforderungen entspricht. Dies stellt er insbesondere durch Probenahmen sicher. Daneben wird das Schwimm- und Badebeckenwasser durch die staatlichen Gesundheitsämter amtlich überwacht, die ebenfalls Wasserproben entnimmt.

Der Unternehmer oder sonstige Inhaber einer Wassergewinnungs- oder Wasserversorgungsanlage oder eines Schwimm- oder Badebeckens hat die ihm obliegenden Wasseruntersuchungen auf eigene Kosten durchzuführen oder durchführen zu lassen. Er hat auch die Kosten (Gebühren und Auslagen) der Wasseruntersuchungen zu tragen, die das Gesundheitsamt durchführt oder durchführen lässt.

In Bayern wurden im Jahr 2014 an 297 Seen 379 EU-Badestellen ausgewiesen. Die Wasserqualität an diesen EU-Badestellen unterliegt der regelmäßigen Überwachung durch die Gesundheitsämter. In der Badesaison (15. Mai bis 15. September) werden dazu monatlich Wasserproben entnommen. Zusätzlich erfolgt eine Probe kurz vor der Badesaison. Insgesamt wurden somit im Jahr 2014 an die 2300 Proben zur Routineüberwachung gezogen.