Neben den Amtstierärzten wirken bei der Tierseuchenbekämpfung der Veterinärassisten und die niedergelassenen praktischen Tierärzte mit. Die Durchführung von systematischen Bekämpfungsprogrammen wird vom Veterinäramt organisiert, koordiniert und überwacht. Dazu zählt z.B. die Bekämpfung der BHV1-Infektion (IBR), der Aujeszkyschen Krankheit (AK) oder auch der Tollwut, sowie zahlreiche andere Seuchen bei Nutztieren, Fischen und Bienen.
 
Für zur Zeit nicht auftretende - im Falle ihres Ausbruchs jedoch große wirtschaftliche Schäden verursachende - Tierseuchen wie die Maul- und Klauenseuche oder die Schweinepest werden die Seuchennotstandspläne ständig aktualisiert und Bekämpfungsstrategien organisiert. Viehverkehr, Viehhandlungen und Tiere in den landwirtschaftlichen Betrieben werden stichprobenweise überprüft. Auch die Kennzeichnung des Nutzviehs wird vom Veterinäramt aus mitverwaltet. Zur vorbeugenden Tierseuchenbekämpfung zählt weiterhin die sichere und geregelte Beseitigung von Tierkörpern, Schlacht- und Speiseabfällen. Beim Kampf gegen die Bienenseuchen, vor allem die Bösartige Faulbrut, wird das Veterinäramt durch die Bienengesundheitswarte der Imkerverbände MSP Ost und MSP West unterstützt.
 
Das Veterinäramt stellt zudem Gesundheitszeugnisse aus: z.B. für Haustiere, die ins Ausland mitgenommen werden sollen oder für landwirtschaftliche Nutztiere.